Stowarzyszenie STOPIL na przestrzeni wielu lat działalności otrzymało szereg nagród i wyróżnień:

• jest głównym laureatem konkursu Ministerstwa Rozwoju Regionalnego „Najlepsza Inwestycja w Człowieka 2008” za najlepiej zrealizowany projekt ze środków EFS;
• w 2008 r. otrzymało wyróżnienie w konkursie „Kryształy Soli” dla najlepszych organizacji pozarządowych działających na terenie województwa małopolskiego w dziedzinie polityki społecznej za autorski program reintegracji społecznej i zawodowej;
• jest wpisane do rejestru Dobrych Praktyk w zakresie reintegracji społecznej i zawodowej;
• w 2009 r. uzyskało wyróżnienie Ministerstwa Pracy i Polityki Społecznej ,,Dobre Praktyki EFS” jako jeden z 8 projektów w kraju spośród 8 tys. zrealizowanych w latach 2004-2006,
• w 2011 r. uzyskało nagrodę Ministerstwa Pracy i Polityki Społecznej ,,Dobra praktyka aktywnych form pomocy za 2010 rok”,
• w 2015 r. otrzymało wyróżnienie Ministerstwa Pracy i Polityki Społecznej ‘Dobra praktyka aktywnych form pomocy za 2014 rok” – wyróżnienie zostało przyznane za inicjatywę, pomysłowość, dobrą współpracę pomiędzy publicznymi służbami zatrudnienia, instytucjami pomocy społecznej i lokalnymi przedsiębiorcami.